Ο Andrea Dovizioso έδειξε από το ξεκίνημα των δοκιμών στο Motegi, πως θα παλέψει να στερήσει από τον Marquez τη χαρά να πανηγυρίσει τον τίτλο μέσα στην έδρα της Honda. Ήταν ταχύτατος στις ελεύθερες και το ίδιο έκανε και στις χρονομετρημένες δοκιμές. Παρότι στη μεγαλύτερη διάρκεια των δεύτερου σκέλους των χρονομετρημένων, στην κορυφή ήταν ο Cal Crutchlow, ο Dovizioso έκανε ακριβώς αυτό που έπρεπε και πήρε την pole position για το Ιαπωνικό GP.Παρότι η πίστα ανήκει στη Honda, ταιριάζει απόλυτα στη Ducati και στον Dovizioso που με αυτήν, έφτασε τις 3 pole position στη μεγάλη κατηγορία στην πίστα αυτή. Αυτή τη φορά, δεν έδωσε μάχη ούτε με τον Marquez αλλά ούτε και με τον Jorge Lorenzo ο οποίος δοκίμασε να οδηγήσει στο πρώτο ελεύθερο αλλά πονούσε και αποσύρθηκε από τον αγώνα. Η μάχη του Dovizioso, ήταν με τον Johann Zarco.
Ο Γάλλος της Tech3 αγαπά ιδιαίτερα τη συγκεκριμένη πίστα και πλησίασε πολύ στον πάρει την pole. Δεν τα κατάφερε όμως αφού έμεινε 68 χιλιοστά του δευτερολέπτου πίσω από τον Dovizioso. Ο ίδιος δήλωσε πως θα πιέσει από την αρχή του αγώνα για να προσπαθήσει να πάρει την πρώτη του νίκη. Για να το καταφέρει αυτό, θα πρέπει να έχει περιορισμένη φθορά στα ελαστικά του και ο Dovizioso να μην παρασυρθεί να τον ακολουθήσει στους πρώτους γύρους του αγώνα.
Από την 3η θέση, συμπληρώνοντας την πρώτη σειρά της εκκίνησης, θα ξεκινήσει τον αγώνα ο Jack Miller με τη Ducati της Pramac. Ο Miller δεν είχε δείξει τόσο δυνατός αλλά έκανε έναν πολύ καλό γύρο που του έδωσε τη θέση αυτή. Δοκίμασε να βελτιώσει κι άλλο το χρόνο του, αλλά έπεσε ολοκληρώνοντας με τον τρόπο αυτόν τα χρονομετρημένα. Ο Cal Crutchlow κατέκτησε την 4η θέση, μη μπορώντας να βελτιώσει το χρόνο του στη δεύτερη προσπάθεια. Στην 5η θέση ανέβηκε την τελευταία στιγμή ο Andrea Iannone αναγκάζοντας τον Marquez να υποχωρήσει στην 6η. Ο Marquez είχε μια πτώση στα τελευταία λεπτά του 4ου σκέλους των ελεύθερων δοκιμών. Παρότι μεσολάβησε το πρώτο σκέλος των χρονομετρημένων δοκιμών, στο οποίο δε συμμετείχε ο Marquez, δήλωσε πως μπήκε με τη δεύτερη μοτοσυκλέτα του στα χρονομετρημένα, η οποία είχε ρυθμίσεις που δεν τον βόλευαν. Όμως, δεν έκανε τις απαραίτητες αλλαγές κι έτσι θα ξεκινήσει από την 6η θέση. Αν θέλει να πανηγυρίσει τον τίτλο στην Ιαπωνία, θα πρέπει αν τερματίσει μπροστά από τον Dovizioso που ξεκινά από την pole, άρα θα πρέπει να πιέσει από την αρχή.
Από την 3η σειρά θα ξεκινήσουν οι Vinales, Rins και Rossi που έκαναν τον 7ο, 8ο και 9ο χρόνο αντίστοιχα. Ο Vinales παραπονιέται για τα φρένα της Yamaha σε μια πίστα που τα φρένα παίζουν σημαντικό ρόλο. Ο Rossi είπε πως μπήκε με λάθος λάστιχο στην τελευταία του προσπάθεια αλλά έτσι κι αλλιώς δε θα μπορούσε να κάνει πολύ καλό αφού η δυναμική του πιστεύει πως ήταν το πολύ για τη δεύτερη σειρά. Όμως για τον αγώνα είναι αισιόδοξος πως μπορεί να τα καταφέρει καλύτερα αν και θεωρεί πολύ δύσκολο να βρεθεί μπροστά από τον Zarco. Την κατάταξη συμπλήρωσαν οι Pedrosa, Bautista και Nakagami με τους δύο τελευταίους να έχουν περάσει από τη διαδικασία του Q1.
